Bahan antibakteria silikon terutamanya mencapai kesan antibakteria dengan cara berikut:
Pengeluaran bahan aktif antibakteria: Agen antibakteria silikon selalunya mengandungi bahan aktif antibakteria seperti ion perak, ion kuprum dan ion zink, yang boleh memusnahkan dinding sel atau membran sel mikroorganisma seperti bakteria dan kulat, menghalang pertumbuhan dan pembiakannya.
Pemangkinan fotokatalitik: Sesetengah bahan antibakteria silikon menggunakan teknologi fotokatalitik, seperti nano titanium dioksida (TiO2), yang boleh menghasilkan radikal bebas yang sangat mengoksida di bawah cahaya ultraungu, dengan itu membunuh atau menghalang pertumbuhan mikroorganisma.
Penghalang fizikal: Bahan silikon itu sendiri mempunyai ketumpatan dan hidrofobisiti tertentu, yang boleh menghalang mikroorganisma daripada melekat dan berkembang pada permukaan bahan pada tahap tertentu.